古城博物馆藏品虽然不多，规模也不大，但却都如实地反映出了库斯科文化历史发展的脉络。对印加古文化和殖民艺术感兴趣的人，进行一次库斯科博物馆之旅，定会有相当丰富的收获。

海军上将宫是库斯科考古博物馆的所在地，主要介绍秘鲁的人类文化、历史发展，展品有石制的箭簇，及印加神庙中挖掘出的黄金制品等帝国时代的各种用具，因而又称为印加博物馆。有时这里还会展出利马博物馆巡回的文物。

位于巨石街的宗教艺术博物馆是一座建造在第六世印加王印加罗卡宫殿基地上的殖民时代建筑，它曾经是库斯科的主教宫，后来教会将这座建筑和宗教艺术品捐给库斯科市政府，并在此成立博物馆。这一座博物馆别具特色，除了陈列许多以绘画和彩色玻璃品为主的宗教艺术品外，博物馆建筑本身融合了印加石造地基和西班牙木造建筑风格，造型独特且具有历史意义。

卡布列拉屋是座规模不大的小博物馆，主要以展览现代库斯科秘鲁艺术家的作品为主，但馆中最珍贵的收藏为20世纪库斯科著名摄影家马丁・乔比的作品。除此之外，还有一个他的工作室模型，里面保存着他曾经使用过的各种摄影器材，显示出当时秘鲁摄影技术的运用。而马丁・乔比当时拍摄的库斯科风土人情和自然景观，除了为当地人保留了库斯科过去的记忆，也是人们了解库斯科从过去到现在的第一手珍贵资料。