远地域可以坐夜行bus或者新干线比如东京到大阪，不算太远又有点小远的坐JR比如箱根到东京可。
在日本坐国营地铁可以买一日乘车券（坐都营地铁，JR，电车，BUS，轮船等等一日内就包了），特别适合跑业务的人和游客，注意交通线路可以买联票不用特地一张张的买也不用跑出站换交通工具的。
温泉是箱根和名古屋附近好些吧，你漏了很多景点，首都圈的迪士尼sea，不是乐园，乐园是小朋友去的，还有日本武道馆，巨蛋，国立博物馆，上野美术馆，动物园，天空树（新的东京塔），千代田区的皇宫，国会，官厅街，丸の内，新宿，池袋，原宿，表参道，六本木，代官山，赤坂，文京等等太多了。有什么再问我吧。

日本交通

　　大中城市的居民以公共交通，特别是轨道交通为日常出行的首选。在汽车生产大国日本出现这种情况，原因很简单，轨道交通经济、便捷、准点、舒适。

　　在日本，轨道交通包括城市间的火车、城市中的地铁和有轨电车。轨道交通第一个优势是经济。日本汽车售价相对便宜，但保有和维护私家车的经济支出很大。日本法律规定机动车必须有存放场所，因此购车后必须持车库证明才能申请到车牌。而在寸土寸金的日本，要想让爱车有一个固定的栖身之地，费用相当可观。另外，养车需要交纳各种费用，如中型私家车每年要交纳四万日元（1美元约合115日元）以上的车辆使用税等等。相比之下，轨道交通则要划算得多，横贯东京的地铁从起点到终点的票价仅为300日元。

　　便捷也是轨道交通吸引乘客的重要原因。日本城市轨道交通系统非常发达，在东京，居民一般步行10分钟至15分钟就可以到达最近的车站。

　　日本轨道交通车辆充足。为了保证乘客的需要，东京的地铁、有轨电车在白天一般5分钟左右一趟，高峰时则每隔两分半钟就发一趟车。

　　轨道交通乘坐环境也非常舒适。地铁、电车车辆一般都配备良好的通风系统，可以做到车厢冬暖夏凉。车厢每个车门上方都安装有液晶显示器，提示站名，提供换乘指南、线路运行状况等信息。

　　日本轨道交通依靠自身的优势吸引了乘客，同时降低了人们驾驶私家车出门的需求。在东京，有超过90％的人选择乘坐轨道交通工具上下班，选择私家车的只有6％。这不仅缓解了交通拥堵问题，对保护环境也发挥了明显的作用。