车臣地区的短暂平静仅维持了30多年，1991年，红色帝国摇摇欲坠，各加盟共和国纷纷独立，车臣人再次看到了独立建国的希望。

1991年11月1日，车臣总统杜达耶夫宣布车臣独立。1991年12月25日，苏联解体，分裂成了15个国家。

按照苏联法律，车臣无法获得独立地位，只能成为苏联的继承者——俄罗斯名下的一个自治共和国，但这并不妨碍车臣人的独立行动。

趁苏联解体，政局动荡，俄罗斯无暇顾及之际，杜达耶夫组织起了军队，夺取了当地俄军的武器，起草了车臣共和国的宪法。就这样，车臣在不被承认但实际独立的状态下度过了三年。

1994年，腾出手来的俄罗斯总统叶利钦决定解决车臣问题。1994年12月11日，俄罗斯出兵车臣，第一次车臣战争爆发。

但此时的俄罗斯军队训练不足，人心涣散，战斗力根本无法与苏联时期相比。交战双方与车臣当地居民均遭受了惨重伤亡，车臣总统杜达耶夫在战争中被打死。1996年底，在车臣非法武装在俄境内先后制造两起重大劫持人质事件后，俄罗斯被迫与车臣签订停火协议，将部队全部撤出车臣，俄罗斯在实际上输掉了这场战争，车臣武装则保住了其独立地位。

第一次车臣战争后，车臣地区军阀混战，政局动荡，这个时期的车臣一共有160多个大大小小的武装组织。车臣经济崩溃，绑架勒索蔚然成风，极端势力大行其道，各种恐怖暴力事件频发。

车臣分裂势力还试图向周边地区渗透，策划分裂达吉斯坦。1999年，军阀巴萨耶夫指挥5000多名武装分子聚集于达吉斯坦和车臣边境，分两路攻入达吉斯坦，向俄军猛烈进攻，企图继在车臣赶走俄军以后再在达吉斯坦打败俄军，以实现车臣、达吉斯坦脱离俄罗斯而建立独立的伊斯兰原教旨主义国家的目的。

1999年8月9日，叶利钦任命普京为政府代总理。1999年10月，普京指挥10万名大军分成两条路进军车臣，第二次车臣战争爆发。

俄军吸取了第一次车臣战争中的教训，集中优势的兵力、猛烈火力，稳扎稳打，绝不轻易冒进。11月12日，俄军攻占了车臣第二大城市。12月4日，俄军完成了对车臣首府格罗兹尼的合围。俄军在激战两个月后，于2000年2月2日攻下了格罗兹尼。在经过这次战斗后，这座城市几乎被夷为平地。

2000年3月，普京坐在SU-27战斗机的副驾驶位上前往格罗兹尼，为这里的俄军官兵们颁发了奖章。这让他在全俄罗斯人心中建立起了一种硬汉形象。3月26日，凭借着在第二次车臣战争中建立起的声望，普京顺利赢下了总统大选。在接下来的三个月里，俄军又逐步肃清了逃进山里的车臣武装分子。2000年5月，俄罗斯政府重新恢复在车臣行使主权。