传教活动在拉丁美洲是以野蛮屠杀式进行，而主要是西班
牙政府及传教士参与。1526年西班牙国王查理五世下令，
每支船队必须携带传教士同行，否则不准离港。根据传教
士拉斯·卡萨斯（Bartolome Las de Casas）记载，西班
牙征服者每征服一个地方便宣布一道命令，用最残酷的死
刑和武力胁迫当地土著皈依基督教，并接受西班牙国王的
统治，拒不服从者，立刻被屠杀。
  安的列斯岛原有三百万
印第安人，1514年减至14000人，最后只剩下200人。1536
年西班牙人抵达新格拉那达，传教士更欺骗当地居民说，
西班牙人是"公正的太阳之子"，将向他们宣传道理。
  于是
居民同意在太阳神庙内树起十字架。由于印第安人入教是
被迫的，他们依然秘密崇拜自己的图腾及神像，为了更有
效地控制当地居民，1602年耶稣会会长提出建立印第安人
宗教归化区，把逃往森林深处的印第安人进行思想改造。
  
从1610年起，耶稣会在巴拉圭建立这种分开殖民征服者及
当地居民的村庄，有十五万印第安人分别住在卅个归化区
内，由传教士负责管理。印第安人只能听从传教士命令及
从事沉重的种植及采矿活动，事实上，他们只是传教士的
奴隶。
  1519年，西班牙殖民者征服了阿兹特克人的家乡墨
西哥。他们欺骗阿兹特克国王说：「西班牙人的到来完全
是为了传播基督教的光明。」不久便囚禁了国王，并假借
他的名进行统治，残酷地屠杀反抗的墨西哥人。
  1524年教
皇和西班牙国王联合派出十几名传教士到墨西哥传教，他
们为酋长之子及印第安人洗礼。根据方济各会报告：1536
年受洗者有500万，到1540年受洗者巳超过900万。17世
纪，西班牙和法国（天主教）及英国和荷兰（基督教）争
生恐后地在北美建立殖民地。
  当然，对土著居民实行种族
灭绝政策，把印第安人的宗教信仰斥之为迷信这些统治方
式并没有改变。