朱元璋确实杀了朱桓。
明洪武年间，皇帝朱元璋对整肃吏治不遗余力。定远知县朱桓凭借“皇侄”的特殊身份，横征暴敛，强抢民女，可谓无恶不作。经由监察御史郑士元检举查证，朱元璋割弃亲情将“皇侄”处死。



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朱元璋由中都回到定远县，提审朱桓等人。朱六九在府中接到报告，马上命人备马，为了保住朱桓的性命，准备大闹公堂。朱元璋于县衙提审朱桓、吴金德等人。
朱六九闻讯赶到县衙，被挡在门房不得入内。如此严厉的刑罚吓得朱桓浑身发抖，求朱元璋再饶他一次，情愿不再做官，回老家为朱元璋守护祖陵。
朱元璋念及朱六九的亲情和恩情，不想处死朱桓，却碍于刑律不能主动说出饶过朱桓的话，是以在堂上责令将朱桓重打一百棍。朱桓不堪重刑，昏死过去。
刑部侍郎唐铎上前求情。朱元璋虽不再行刑，却令人将朱桓绑到大堂的柱子上，要以箭射杀。射箭的武士知道朱元璋不愿处死朱桓，屡射不中。朱元璋离案，接过弓箭准备亲自射杀朱桓。唐铎等大臣急忙求请。朱元璋见此情景，遂传令将朱桓废为庶民，永不录用。
郑士元从惩贪大局着想，不赞同对朱桓从轻处罚，冒死进谏“若皇亲国戚便法外施恩，则将失信于民，久而久之，法将不法”，结果激怒朱元璋，被判处斩首。
参考资料：搜狗百科——洪武大案