日本料理主要分为三类：本膳料理、怀石料理和会席料理。
本膳料理：以传统的文化、习惯为基础的料理体系。在十分正式的日本宴席上将菜放在有脚的托盘上使用。
怀石料理：在茶道会之前给客人准备的精美菜肴。在中世日本（指日本的镰仓、室町时代），茶道形成了，有此而产生了怀石料理，这是以十分严格的规则为基础而形成的。 日本菜系中，最早最正统的烹调系统是“怀石料理”，距今已有四百五十多年的历史。据日本古老的传说，“怀石”一词是由禅僧的“温石”而来。那时候，修行中的禅僧必须遵行的戒律是只食用早餐和午餐，下午不必吃饭。可是年轻的僧侣耐不住饥饿和寒冷，将加热的石头包于碎布中称为“温石”，揣到怀里，顶在胃部以耐饥寒。后来逐步发展为少吃一点东西，起到“温石”御饥寒的的作用。
会席料理：晚会上的丰盛宴席菜式。随着日本普通市民的社会活动的发展，产生了料理店，形成了会席料理。可能是由本膳料理和怀石料理为基础，简化而成的。其中也包括各种乡土料理。会席料理通常在专门做日本菜的饭馆里可以品尝到。
此外，还有盒装冷餐御节料理，通常在新年的重要节日时食用。另外还有精进料理，原本是佛教徒食用的素餐。
日本料理是用眼睛品尝的料理，更准确应该是用五感来品尝的料理。即：眼-视觉的品尝；鼻-嗅觉的品尝；耳-听觉的品尝；触-触觉的品尝；自然还有舌-味觉的品尝。然后说到能尝到什么味道，首先是五味。五味可能同中国料理相同，甜酸苦辣咸。并且料理还需具备五色，黑白赤黄青。五色齐全之后，还需考虑营养均衡。日本料理由五种基本的调理法构成即：切、煮、烤、蒸、炸。和中国料理相比，日本料理的烹饪法比较单纯。日本料理是把季节感浓郁的素材以五味（实为六味，第六种味道-淡。淡则是要求把原材料的原味充分的牵引出来。）、五色、五法为基础，用五感来品尝的料理。